Vlastníkem vodní cesty Baťův kanál je stát.

Financování rozvoje a provozu vodní cesty zajišťuje vícero zdrojů. Hlavním zdrojem finančních prostředků je samozřejmě stát, kraje a obce s využitím dotací z fondů Evropské unie.

Povodí Moravy, s. p. Brno – je ze zákona o vnitrozemské plavbě č. 114/95 Sb. správcem vodní cesty. Zajišťuje veškerý provoz a údržbu vodní cesty – čištění nánosů, manipulace s plavebními komorami, kosení břehů. Organizace je metodicky řízena a financována Ministerstvem zemědělství ČR.

Ředitelství vodních cest České republiky - bylo zřízeno Ministerstvem dopravy a spojů ČR 1.dubna 1998 a je organizační složkou státu zřízenou Ministerstvem dopravy, dle ust. § 51 odst 1., zák. č. 219/2000 Sb. Základním předmětem činnosti organizace je zejména zabezpečení přípravy a realizace výstavby a modernizace součástí dopravně významných vodních cest a dalších staveb nutných pro provoz na vodních cestách a pro jejich správu a údržbu a pořizování dalšího majetku nutného pro správu a údržbu vodních cest.

Státní plavební správa - Od října 1995 působí Státní plavební správa jako plavební úřad a plní úkoly státní správy a státního dozoru ve vnitrozemské plavbě s cílem zabezpečit její rozvoj a její bezpečný a plynulý provoz.

Jihomoravský kraj – od svého vzniku pravidelně významně finančně i morálně podporuje rozvoj turistiky na Baťově kanálu. Za jeho podpory se podařilo realizovat několik přístavišť, informačních tabulí, marketingových projektů, významnou dotací se podílel na čištění Baťova kanálu apod. Nechal zpracovat studii napojení Baťova kanálu na Dyji. Hraje významnou roli při jednáních ve věci dalšího rozvoje.

Baťův kanál, o. p. s. – zajišťuje veškerý provozní servis na Baťově kanálu. Jedná se hlavně o provozování informačního centra Baťova kanálu, komunikaci se médii, propagaci a propagační akce, vydávání propagačních materiálů, správa internetových stránek Baťova kanálu. Dále jsou to koordinační činnosti a podíl na řízení plavby a provozu na Baťově kanálu, správa majetku a realizace projektů.

Svazek obcí Sdružení obcí pro rozvoj Baťova kanálu a vodní cesty na řece Moravě vznikl v roce 2005 a jeho cílem je obnova a rozvoj historické vodní cesty Baťův kanál na území Zlínského kraje pro účely turistického ruchu. Při realizaci rozvojových aktivit úzce spolupracuje s Odborem strategického rozvoje KÚ Zlínského kraje. Mezi aktivity svazku patří především budování infrastruktury cestovního ruchu jako jsou přístaviště, cyklostezky, kempy a ubytovny, půjčovny lodí, plavidla, navigační a informační systémy a další.
Členskými obcemi jsou: Uherský Ostroh, Nedakonice, Kostelany nad Moravou, Kunovice, Uherské Hradiště, Staré Město, Huštěnovice, Babice, Spytihněv, Napajedla, Žlutava, Otrokovice, Bělov, Kvasice, Tlumačov, Střížovice, Hulín a Kroměříž.
Aktivity tohoto svazku obcí jsou finančně podpořeny Zlínským krajem a v rámci projektu Projektový manažer Sdružení obcí pro rozvoj Baťova kanálu spolufinancovány Evropským fondem pro regionální rozvoj, Ministerstvem pro místní rozvoj a Zlínským krajem.

Svazek obcí Obce pro Baťův kanál vznikl v roce 2005 na území Jihomoravského kraje
a vykonává obdobné rozvojové aktivity na tomto území. Toto sdružení kromě jiného úzce spolupracuje s Jihomoravským krajem. Jeho členskými obcemi jsou: Veselí nad Moravou, Strážnice, Petrov, Sudoměřice, Rohatec, Hodonín.
Aktivity tohoto svazku obcí Obce pro Baťův kanál jsou finančně podpořeny Jihomoravským krajem a jsou spolufinancovány různými grantovými schématy.

Mesto Skalica – dlouhodobě se aktivně podílí na rozvoji Baťova kanálu. Dlouholetý přeshraniční partner při realizaci EU projektů.