O založení Baťův kanál, o. p. s. rozhodla správní rada nadačního fondu Agentura pro rozvoj turistiky na Baťově kanálu 3. května 2001 ve Veselí nad Moravou. Ten den byla také notářkou JUDr. Ludmilou Petěrkovou sepsána zakládací listina.
23. ledna 2002 byla společnost zapsána do rejstříku obecně prospěšných společností vedených Krajským soudem v Brně a zahájila svou činnost.
Zakládací listina byla formou notářského zápisu provedeného notářkou JUDr. Vladimírou Zachovalou dvakrát měněna. V roce 2007 se upravoval způsob delegace osob do správní a dozorčí rady a měnil se počet členů správní a dozorčí rady ze 3 na 6. V roce 2011 se na základě změny zákona o obecně prospěšných společnostech měnil statutární zástupce z předsedy správní rady na ředitele. Zároveňbyl zrušen statut.
V pondělí 16. října 2023 podepsal hejtman Zlínského kraje Radim Holiš společně s hejtmanem Jihomoravského kraje Janem Grolichem v Uherském Hradišti smlouvy, na jejichž základě převzaly od 1. ledna 2024 oba kraje od Agentury pro rozvoj turistiky na Baťově kanálu práva a povinnosti zakladatele v obecně prospěšné společnosti Baťův kanál. Díky tomu se mohou sjednotit a zefektivnit řízení rozvoje Baťova kanálu a posílit v něm svoji roli. Podepsání dohod umožní krajům se přímo podílet na rozhodnutích o všech důležitých krocích při dalším rozvoji Baťova kanálu. Ve spolupráci s Povodím Moravy, Ředitelstvím vodních cest České republiky a dalšími subjekty pak v rámci stálého výboru budou řešit infrastrukturu i provoz samotné vodní cesty. Baťův kanál, o.p.s. se tak stává platformou pro širokou spolupráci všech partnerů. Na rozvojových aktivitách na obou stranách Baťova kanálu, zlínské i jihomoravské, se podílely rovněž dobrovolné svazky obcí. Významné slovo v rozvoji této vodní cesty budou mít obce i nadále. Zapojeni budou také podnikatelé.