O založení Baťův kanál, o. p. s. rozhodla správní rada nadačního fondu Agentura pro rozvoj turistiky na Baťově kanálu 3. května 2001 ve Veselí nad Moravou. Ten den byla také notářkou JUDr. Ludmilou Petěrkovou sepsána zakládací listina.
23. ledna 2002 byla společnost zapsána do rejstříku obecně prospěšných společností vedených Krajským soudem v Brně a zahájila svou činnost.
Zakládací listina byla formou notářského zápisu provedeného notářkou JUDr. Vladimírou Zachovalou dvakrát měněna. V roce 2007 se upravoval způsob delegace osob do správní a dozorčí rady a měnil se počet členů správní a dozorčí rady ze 3 na 6. V roce 2011 se na základě změny zákona o obecně prospěšných společnostech měnil statutární zástupce z předsedy správní rady na ředitele. Zároveňbyl zrušen statut.
